Su colección abarca distintos aspectos de la región: etnografía del altiplano, colecciones de las poblaciones indígenas y documentación sobre la época del salitre. Entre los muchos objetos presentes en esta muestra destaca el cuerpo momificado de una princesa inca (1450 y 1550). El museo está ubicado en la calle Baquedano nº 951, en el edificio que ocupaban los Tribunales de Justicia.