La reforma de la Constitución Provincial en 2008, reconoció la autonomía municipal consagrada en la Constitución Nacional de 1994.[24] Estando aún vigente la constitución provincial correspondiente a la reforma de 1933, los municipios entrerrianos son entes autárquicos no autónomos.[25] La provincia utiliza el sistema de ejidos no colindantes para sus municipios, por lo que existen territorios no organizados en los intersticios entre municipios y juntas de gobierno, los habitantes de los cuales quedan privados de los servicios prestados por los gobiernos locales.

Los departamentos entrerrianos no son divisiones administrativas organizadas ya que no tienen ningún órgano de gobierno, su propósito es servir a la descentralización de la administración provincial. Existen jefaturas departamentales de la Policía de Entre Ríos, direcciones departamentales de escuelas y de otros órganos descentralizados. También sirven como distrito electoral para el Senado provincial, eligiéndose un senador por cada departamento.

Para los propósitos catastrales, los departamentos se subdividen completamente en distritos, los cuales son independientes de los ejidos de los municipios y juntas de gobierno que pueden comprender todo o parte de uno o más distritos. La mayor parte de las islas del Delta del Paraná se agrupan en secciones.
Véase también: Anexo:Distritos de la Provincia de Entre Ríos
Véase también: Anexo:Municipios y juntas de gobierno de Entre Ríos

Desde la creación del Departamento San Salvador, la provincia se encuentra dividida en diecisiete departamentos, cuyos nombres según la Constitución provincial (junto con los posteriormente creados: Federal, Islas del Ibicuy y San Salvador),