La provincia se encuentra dividida en 9 departamentos. En San Luis los municipios abarcan únicamente los ejidos urbanos de cada centro poblado, por lo que existen territorios fuera de toda jurisdicción municipal (sistema de ejidos no colindantes).

La provincia reconoce la autonomía municipal. Para una enumeración completa de los municipios de la provincia, véase Anexo:Municipios y comisiones municipales de San Luis. Para información sobre la organización municipal provincial, véase Organización municipal de San Luis. La siguiente es la lista de los departamentos con su localidad cabecera.

* Departamento Ayacucho (San Francisco del Monte de Oro)
* Departamento Belgrano (Villa General Roca)
* Departamento Chacabuco (Concarán)
* Departamento Coronel Pringles (La Toma)
* Departamento General Pedernera (Villa Mercedes)
* Departamento Gobernador Dupuy (Buena Esperanza)
* Departamento Junín (Santa Rosa de Conlara)
* Departamento de La Capital (San Luis)
* Departamento Libertador General San Martín (San Martín)